Lagu Papua ini menceritakan tentang keindahan tanah Papua dan rasa bangga masyarakat terhadap daerahnya. Dalam lagu ini digambarkan alam Papua yang indah, kehidupan masyarakat yang damai, serta kekayaan budaya yang menjadi identitas masyarakat setempat. Lagu ini juga menampilkan semangat cinta tanah kelahiran dan persaudaraan.
Selain itu, lagu ini mengandung pesan agar generasi muda tetap menjaga adat dan budaya Papua. Dengan irama yang lembut namun penuh semangat, “Mutiara Nova Onim” sering dinyanyikan dalam acara budaya, pertunjukan seni, dan kegiatan sekolah sebagai bentuk penghormatan terhadap warisan budaya Papua.