Lagu ini bercerita tentang seseorang yang ketahuan mengkhianati pasangannya dan sedang berusaha menjelaskan diri. Ia mengakui kesalahannya, bahkan mengaku bahwa apa yang terjadi memang salah. Namun, ia juga terus meyakinkan pasangannya bahwa perselingkuhan itu tidak melibatkan perasaan dan hanya terjadi sekali. Meski begitu, pasangan yang terluka tentu sulit mempercayainya begitu saja dan lebih memilih mencari kebenaran daripada mendengar permintaan maaf.

Di sisi lain, lagu ini juga menggambarkan rasa curiga yang ternyata sudah lama dirasakan oleh sang pasangan. Selama ini ia merasa ada sesuatu yang tidak beres dari sikap kekasihnya yang mulai berubah, terlihat tertutup, dan bertingkah mencurigakan. Karena itu, pertanyaan "How long has this been going on?" bukan hanya soal perselingkuhan itu sendiri, tetapi juga tentang berapa lama kebohongan dan kepura-puraan tersebut berlangsung di balik hubungan mereka.

Secara keseluruhan, lagu ini mengangkat tema pengkhianatan, rasa bersalah, dan hilangnya kepercayaan dalam sebuah hubungan. Pesan yang terasa kuat adalah bahwa sekali kepercayaan rusak, permintaan maaf saja sering kali tidak cukup untuk memperbaikinya. Kadang yang paling menyakitkan bukan kesalahannya, melainkan fakta bahwa seseorang yang kita cintai ternyata menyembunyikan sesuatu selama ini.